「長洲」一詞雖始出現於明清時期的官方的文獻，但考古發掘結果最早於6000年前，已有先民居留。2018年，長洲戲院一帶曾進行考古發掘，發現3000多年前，即新石器時代的文化遺產多達6,842公斤，其中重要文物有382件，包括陶器及石器。而考古發掘報告的結論是，長洲考古教育中心的位置是當時漁民休息、修整船隻的地方。這個遺址可以說是長洲最近期的考古發現；而在長洲最繁盛市的地帶發掘到遠古遺址，更屬難能可貴。